В стационаре Филатовской больницы, расположенном в нескольких корпусах на единой территории, работают хирургические отделения (плановой, неотложной, торакальной, гнойной, кардиохирургии, микрохирургии), травматологии и ортопедии, реанимации, гемодиализа, а также отделения педиатрии, отоларингологии, нефрологии, урологии, токсикологии, рентгенхирургических методов лечения и другие.

На базе больницы работает Московский городской консультативно-диагностический центр, в котором оказывается специализированная медицинская помощь детям по направлениям из детских амбулаторных центров и поликлиник.