В детской городской поликлинике №99 оказывают медицинскую помощь в следующих отделениях: в 2 педиатрических, стоматологическом, отделении восстановительного лечения (физиотерапия, массаж, лечебная физкультура, солярий, бассейн, сауна), отделении круглосуточной медиц. помощи на дому.
В ДГП №99 применяют различные методы исследований и диагностики: нейромиграфию, нейросонографию, допплерографию, эхокардиографию, электроэнцефалографию, клинико-диагностические исследования.